Uz obrazovanje, zdravstvo je jedan od prioriteta županijskih proračuna, a posljednjih godina značajno se ulagalo u podizanje kvalitete i standarda zdravstvene skrbi, uključujući bolnice, domove zdravlja, zavode za javno zdravstvo i hitnu medicinu.
Od ovogodišnjih planiranih 1,46 milijuna eura, kako stoji u proračunu Šibensko-kninske županije za 2025. godinu, sredstva su usmjerena za provođenje mjera i djelatnosti zdravstvene zaštite, među kojima su, između ostalih, interventna sredstva u zdravstvu, preventivne mjere zdravstvene zaštite i sufinanciranje doktorice medicine u Općini Murter. Nadalje, osigurana su sredstva za sufinanciranje pripravničkog staža laboranata te specijalizanata medicinske biokemije u Općoj bolnici Šibensko-kninske županije, sufinanciranje kamate stambenih kredita zdravstvenih djelatnika, kao i stipendije za studente medicinske biokemije (13.000 eura), studente medicine (40.800 eura) i ostale stipendije u zdravstvu i socijalnoj skrbi (17.000 eura). S iznosom od 28.000 eura, sufinancirat će se udruge s područja zdravstva, ali i izrada studije za heliodrom u OVB "Hrvatski ponos" Knin i adaptacija prostora za hitnu medicinu u Skradinu.
Kako se pokazalo tijekom sezone 2023. i 2024. godine, otvaranje trijažne pedijatrijske ambulante pri OHBP Šibenik je rasteretilo rad pedijatrije te se s istom praksom nastavlja u 2025. godini odnosno osigurana su sredstva za sufinanciranje djelatnosti pedijatrije u OBŠKŽ.
Kako se navodi u obrazloženju prijedloga ovogodišnjeg proračuna, sufinanciranjem izrade projektne dokumentacije za izgradnju nove zgrade Zavoda za hitnu medicinu Šibensko-kninske županije stvaraju se preduvjeti za apliciranje na natječaje, zahvaljujući čemu će stanovništvo Šibensko-kninske županije dobiti višu razinu bolničkih usluga, a u posljednje tri godine Županija je nabavila i 8 novih vozila za hitnu medicinsku pomoć i sanitetski prijevoz, za leasing kojih se godišnje izdvaja 125.600 eura iz proračuna.
U suradnji s jedinicama lokalne samouprave, Županija je krajem prošle godine dodijelila 8 stipendija studentima medicinskog područja u iznosu od 340 eura mjesečno, a uvode se i nove stipendije za učenike i studente s invaliditetom te je u planu financiranje opremanja vozila jedne autoškole na području županije opremom za osobe s invaliditetom.
Prema pisanju portala Župan.hr, najviše je za zdravstvo u 2023. godini izdvojila Brodsko-posavska županija (60,51 posto), dok je Šibensko-kninska s 60,01 posto odmah iza nje. Slijede Požeško-slavonska (55,64 posto), Zadarska (55,39 posto) i Istarska županija (53,69 posto). Po stanovniku je najviše izdvojila Požeško-slavonska županija (972 eura), zatim Šibensko-kninska (874 eura), Brodsko-posavska (819 eura), Dubrovačko-neretvanska (816 eura) i Varaždinska županija (812 eura).